En un borrador de enmienda constitucional elaborado por la Consejería Jurídica del Ejecutivo, la Presidencia de la República plantea eliminar la autonomía otorgada en 2014 a la Fiscalía General de la República (FGR) y a los ministerios públicos estatales, recuperando así el poder de designar y destituir a los fiscales como si fueran secretarios de Estado.
En febrero de 2014, el Congreso de la Unión reformó el artículo 102 constitucional para transformar la antigua PGR en un organismo autónomo, dotado de personalidad jurídica y patrimonio propio, con el fin de alejar la procuración de justicia de intereses políticos. El proceso incluyó la creación de un consejo de selección y la participación del Senado en la designación del fiscal general, así como la delimitación de su presupuesto independiente. No obstante, desde su implementación, académicos como Miguel Alejandro López Olvera han documentado brechas en la autonomía de la FGR, señalando que mantiene vínculos operativos y financieros con el Ejecutivo Federal.
En la reforma se plantea que el presidente o presidenta y los gobernadores puedan proponer y remover titulares de fiscalías sin intervención del Senado ni comités de evaluación independiente. Morena prevé presentar formalmente la iniciativa en el siguiente periodo ordinario del Congreso, a finales de 2025, tras dar prioridad a la reforma del Poder Judicial que intenta introducir elección popular de jueces.
